По време на Априлското въстание 1876 г. село Батак попада в центъра на битката за свободата на родината ни, населението с цената на живота си и реки от кръв защитава правото ни да бъдем свободни. Според данни достигнали до нас в баташкото клане са загубили живота си над 5 000 българи, жестоко избити от башибозук състоящ се от помаци предвождани от Ахмед ага Барутанлията, който за това деяние получава похвали и отличия от султана на Османската империя. В Батак е станала най-кървавата касапница през целия период на петвековното ни иго, през който общо са били погубени около 25 000 българи. Предводителите на въстаниците войводите Петър Горанов и Стефан Трендафилов повеждат смелите мъже от селото, но са предадени от чорбаджиите, които пускат многобройната турска войска, никой не е пощаден, нито чорбаджиите, нито беззащитните жени, деца и старци, според записки на очевидци разказващи смразяващи истории за нечувана жестокост, селото е опожарено заедно с хората опитали се да намерят убежище в някои по-големи постройки като училището, църквата, за съжаление и те не успяват да спрат озверелия башибозук.
Църквата остава като последна крепост на вярата и надеждата на хората за спасение, няколко дена храбро са устоявали на нападенията на турците, копали са с голи ръце за да търсят вода, пили са кръвта на мъртвите, използвали зехтина на кандилата, но липсата на храна и вода, изтощението принуждава хората да се предадат и божия храм потъва в кръв, не заличена и до днес по стените на църквата, не позволяваща да забравим страшните дни и огромната саможертва на местното население. На хората е обещавана свобода ако се предадат доброволно, но това не се случва, те са ограбвани поругани и убивани без всякаква милост, за да се спасят някои са принудени да се преструват на убити. Църквата е опожарена, но благодарение на масивната си каменна конструкция не е разрушена напълно, само дървените мебели и икони изгарят. Църквата „Света Неделя” представляваща кръстовидна куполна сграда от камък и леко вкопана в земята, станала мълчалив свидетел на баташкото клане е построена 1813 година на място дарено от родолюбеца Тодор Балинов и труда и усилията на местното население, след опожаряването през 1876 г. вече не е действаща, по- късно е превърната в музей-костница в памет на невинните жертви загинали по време на Априлското въстание. Те с решение от 3 април 2011 г. на Св.Синод вече са обявени за свети новомъченици, до нас са достигнали само няколко имена на жертви на клането- мъчениците свещеници Нейчо и Петър, Иван, Илия, великомъченик Трендафил Тошев Керелов, който е изпечен жив. На 17 май 2011 г. с литургия отслужена от митрополит Николай Пловдивски се слага началото и тази дата е определена за почитане паметта на светците, увековечени в икона осветена в храма „Св. Александър Невски” в София. Църквата „Света Неделя” се превръща в светиня пазеща и до днес зад каменната си ограда и масивните дъбови порти жив българския дух и патриотизъм. Тя е един от най-посещаваните паметници на героичното Априлско въстание и днес в каменната църква можем да видим кладенеца изкопан от отчаяните майки, дръвника на който много българи са загубили главите си, по стените са следите от пожара и дупките от куршумите, централно място заема Костницата, съдържаща малка част от костите на предпочелите да умрат българи, но не и да сменят вярата си. Започва изграждане на нова църква през 1912 г „Успение на Пресветата Богородица” в околността са изградени множество малки параклиси.
Батак е малко селце успяло дълго време да съхрани българския бит и самосъзнание въпреки, че е заобиколено от села с преобладаващо мюсюлманско население, през 1963 г. е обявено за град. В църквата се е проповядвало на черковнославянски език макар, че е било забранено, в българските храмове църковните служби по това време задължително се изнасяли на гръцки език. След клането турците се опитват да прикрият следите от безчинствата си, пребоядисват църквата, но всичко е пропито с кръв, което предизвиква недоволство у представителите на редица страни и военни кореспонденти. Гласността която се дава на голямата саможертва в Батак по време на въстанието, направи възможна намесата на Русия и освобождението на страната ни. Баташкото клане в историята ни остава като най-голямото военно престъпление.